O alquimista segue a jornada de um pastor andaluz chamado Santiago. Acreditando em um sonho recorrente de ser profético, ele decide viajar para uma adivinha Romani em uma cidade próxima para descobrir seu significado. A mulher interpreta o sonho como uma profecia dizendo ao menino que há um tesouro nas pirâmides no Egito.

No início de sua jornada, ele encontra um velho rei, cujo nome era Melquisedeque, que lhe diz para vender suas ovelhas para viajar para o Egito e introduz a ideia de uma Lenda Pessoal. Sua Lenda Pessoal é o que você sempre quis realizar. Todos, quando são jovens, sabem o que é a sua "Lenda Pessoal". Ele acrescenta que "quando você quer algo, todo o universo conspira para ajudá-lo a alcançá-lo". Este é o tema central do livro.

Ao longo do caminho, o menino encontra um inglês que veio em busca de um Alquimista e continua suas viagens com ele. Eles viajam pelo Saara e durante sua viagem, Santiago se encontra e se apaixona por uma bela mulher árabe chamada Fátima, que reside com seu clã perto de um oásis. Ele pede a Fátima para se casar com ele, mas ela diz que só vai casar com ele depois que ele completar sua jornada e encontrar seus tesouros. Ele fica perplexo com isso, mas depois descobre que o verdadeiro amor não vai parar nem implorar para sacrificar a sua Lenda Pessoal, e se isso acontecer, não é amor verdadeiro.

O menino então encontra um alquimista que também o ensina sobre Lendas Pessoais. Ele diz que as pessoas querem encontrar apenas o tesouro de suas Lendas Pessoais, mas não a própria Lenda Pessoal. O menino se sente inseguro sobre si mesmo enquanto escuta os ensinamentos do alquimista. O alquimista afirma: "Aqueles que não entenderem suas Lendas Pessoais não conseguirão compreender seus ensinamentos". É também afirmado que o tesouro é mais digno do que o ouro. O tema principal recorre através do romance, "Quando uma pessoa realmente deseja alguma coisa, todo o universo conspira para ajudar essa pessoa a realizar seu sonho".